História A cidade surgiu com o nome de povoado de Vila Belém. O povoado era a sede da Cia Fazenda Belém na época da construção da E.F. Santos a Jundiaí na segunda metade do século XIX. Posteriormente as terras foram compradas pelo Barão de Mauá e utilizadas como acampamento para os operários que trabalharam na construção do túnel sob a serra que liga a cidade de Francisco Morato com o Município de Campo Limpo Paulista. No início do século XX, a então Vila Bethlém tornou-se temporariamente entreposto de produtos agrícolas vindos de cidades da região e do sul de Minas Gerais, rota que mais tarde foi alterada com a construção do túnel de Campo Limpo Paulista-SP. De acordo com pesquisas realizadas na época a cidade tinha uma pequena população de 5.000 pessoas.

Contudo, o então distrito de Franco da Rocha, já com ambição de se emancipar para município, tinha a restrição de que as leis brasileiras não permitiam que houvesse no país duas cidades com o mesmo nome, na então situação Belém-PA frente a Vila Bethlém-SP. Assim, o nascedouro município paulista foi obrigado a alterar seu nome. Foi então que foi sugerido as autoridades locais que recebesse o nome de Francisco Morato, sugestão dada pela Faculdade de Direito do Largo São Francisco, onde o professor Francisco Morato havia lecionado.

A proposta foi acolhida pela Câmara Municipal de Franco da Rocha, o distrito de Francisco Morato, tendo a emancipação sido ocorrida no dia 21 de março de 1965, que foi seguida de um plebiscito no distrito e mais tarde aprovada pela Assembléia Legislativa do Estado de São Paulo. Francisco Morato, era um político, advogado e professor da Universidade de São Paulo e um homem de notáveis realizações.[9] A partir da década de 1980, começou a crescer sua população por conta do grande crescimento de migrantes muitos deles vindos do nordeste do Brasil para trabalhar na capital paulista.[carece de fontes] Nessa época, a cidade passou a ser considerada uma cidade-dormitório , caracterizada pelo movimento pendular de sua população que em sua grande maioria sai de manhã para trabalhar na capital e retorna somente a noite. Tal movimento foi possibilitado pela linha de trem da CBTU, repassada do governo federal para o governo paulista em 1994, quando foi criada a CPTM. Assim como a rede de transporte ferroviária que servia a cidade na época, a infraestrutura da cidade também era precária, muitas ruas sem asfaltamento, esgotos a céu aberto e falta de hospitais e escolas contribuíam para o fato de a cidade não ter alcançado um crescimento significativo assim como os outros municípios da região.

A economia da cidade passou a ter uma vocação mais comercial. Um dos grandes problemas da cidade é a falta de empregos o que força os habitantes a trabalharem na capital paulista ou nos municípios vizinhos. Como fonte de renda os comerciantes locais do município investiram muito na área central por mais acessibilidade aos clientes. A cidade ainda carece de empresas de grande porte, praticamente toda sua economia gira em torno do comércio local que se baseia em lojas de vestuário, calçados, alimentação e serviços. Mesmo com todos os avanços a cidade ainda é considerada uma das mais carentes da grande São Paulo.