Em 24 de janeiro de 1502, chega no local a expedição exploratória com Gaspar de Lemos e Américo Vespúcio (Amerigo Vespucci) no comando, visando reivindicar e demarcar as novas terras e nomearam o local por Barra do Rio Cananor. Esta expedição trazia uma figura obscura da história brasileira, o degredado português Cosme Fernandes, conhecido como Bacharel de Cananéia, o qual tornou-se uma figura poderosa na região, vindo a possuir muitos escravos e não prestando obediência à coroa portuguesa.^[11] Anos depois, em 1531, Portugal enviou mais uma expedição, sob o comando de Martim Afonso de Sousa, que chegou na comunidade de Marataiama (antigo nome de Cananéia registrado no diário de navegação da expedição; Mara = mar e Tayama = terra^{[em qual idioma? necessário esclarecer]}). Este ano é considerado o da fundação oficial da Vila.^[11] Porém, devido à falta de documentos consistentes que comprovem tal feito, fica estabelecida a controvérsia sobre qual seria a cidade mais antiga do Brasil: Cananéia ou São Vicente (esta última, também fundada por Martim Afonso, em 22 de janeiro de 1532, conforme documentação).^[12][13] Em 1536, a propósito do massacre dos oitenta integrantes da expedição de Pero Lobo pelos Carijós às margens do rio Iguaçu, pouco depois de partirem de Cananéia em 1º de setembro de 1531 na malfadada expedição, Pero de Góis intimou os espanhóis a entregarem o Bacharel de Cananéia e a prestarem obediência ao rei de Portugal e ao governador Martim Afonso de Sousa, em trinta dias, sob pena de morte e de confisco de bens. Moschera respondeu que não reconhecia a jurisdição da Coroa portuguesa, uma vez que se encontrava em terras de Castela, criando-se um impasse.^[14] Na iminência de ataque pelos portugueses, Moschera e o Bacharel, apoiados por duzentos indígenas flecheiros, capturaram um navio corsário francês que pouco antes aportara a Cananéia em busca de provisões, apoderando-se de suas armas e munições. Em seguida, fizeram cavar uma trincheira em frente à povoação de Iguape, guarnecendo-a com quatro das peças de artilharia do navio francês. Na sequência, dispuseram vinte espanhóis e cento e cinquenta indígenas emboscados no manguezal da foz da barra do Icapara, aguardando a força portuguesa.^[15] Esta, composta por oitenta homens, ao desembarcar foi recebida sob o fogo da artilharia, sendo desbaratada. Na retirada, os sobreviventes foram surpreendidos pelas forças espanholas emboscadas na foz do rio, onde os remanescentes pereceram, sendo gravemente ferido o seu capitão Pero de Góis, por um tiro de arcabuz. Ocorrido no Entrincheiramento de Iguape.^[15] Vitoriosos, no dia seguinte os espanhóis embarcaram no navio francês e atacaram a vila de São Vicente, que saquearam e incendiaram, levando inclusive o Livro do Tombo, deixando-a praticamente destruída, matando dois terços dos seus habitantes. Após os ataques, ambos teriam fugido para a Ilha de Santa Catarina, tendo Moschera retornado ao rio da Prata e o Bacharel Fernandes para Cananéia. Esta, ficou conhecida como a Guerra de Iguape.^[15] Foi o primeiro confronto entre europeus portugueses e espanhóis na América do Sul.^[10]