Quando do descobrimento do Brasil pelos portugueses em 1500, já existia, na região, a Aldeia dos Índios Peruíbe. No sistema de Capitanias Hereditárias implantado pela Coroa Portuguesa em 1534 para a colonização do Brasil, o território onde hoje localiza-se Peruíbe pertencia à Capitania de São Vicente, cujo donatário era Martim Afonso de Sousa. Mas a história de Peruíbe está intimamente ligada ao estabelecimento dos padres jesuítas pelo litoral do estado de São Paulo.^[10] Em 1549, chegou o padre Leonardo Nunes para fazer a catequese dos índios, no local onde já havia sido construída a Igreja de São João Batista.^[11] Os indígenas o apelidaram de Abarebebê ou Abaré-bebé (termo que, traduzido do tupi antigo, significa “Padre Voador”, através da junção de abaré, “padre” e bebé, “voador”),^[12] pois parecia estar em vários locais ao mesmo tempo.^[13] Restos desta igreja são conhecidos hoje como Ruínas do Abarebebê. Em 1554, foi a vez de o padre José de Anchieta chegar ao aldeamento.^[6] Em 1640, passou a ser conhecida como Aldeia de São João Batista e, em 1789, os padres jesuítas foram expulsos do Brasil. A aldeia, abandonada, entrou em declínio, tornando-se uma pacata vila de pescadores, sempre submetida ao município de Itanhaém. Em 1914, a construção da Estrada de Ferro Santos-Juquiá trouxe novos habitantes. A bananicultura se espalhou pela região. Nos anos 1950, com a construção de rodovias para o Litoral Sul, a atividade comercial, especialmente a imobiliária, começa a crescer, sendo realizado um plebiscito para definir a emancipação política de Peruíbe, em 24 de dezembro de 1958, proposto pelo então vereador de Itanhaém, Geraldo Russomano. Em 18 de fevereiro de 1959, o distrito passou a ser um município desmembrado do território de Itanhaém. Já em 22 de Junho de 1974, Peruíbe foi reconhecida como Estância Balneária. Em 1975, foi assinado, pelo presidente brasileiro Ernesto Geisel, o acordo nuclear Brasil-Alemanha, que previa, dentre outros itens, a construção de uma usina nuclear na Praia do Arpoador, na Jureia. A sociedade resistiu, e os equipamentos que seriam usados em Peruíbe ficaram na usina de Angra 3. Também na década de 1970, o uso medicinal da lama negra de Peruíbe ganhou repercussão internacional, mas seu emprego só foi retomado após pesquisas comprobatórias da sua eficácia nos anos 2000. Em 2007, o empresário Eike Batista anunciou que pretendia construir o Porto de Peruíbe (Porto Brasil), que seria o maior e mais moderno da América Latina, com um parque industrial anexo. O projeto foi suspenso por tempo indeterminado. O desenvolvimento do município até hoje está ligado ao turismo de veraneio, comércio e serviços.