Por volta do ano 1000, a região foi invadida por povos do tronco tupi provenientes da Amazônia. Eles expulsaram os habitantes anteriores, chamados tapuias, para o interior do continente.^[5] Na época da chegada dos primeiros europeus à região, no século XVI, os guaranis habitavam às margens dos rios Mongaguá e Aguapeú.^[6] O português Martim Afonso de Sousa desembarcou nas Ilhas de São Vicente em 1532. Naquele momento, foi criado o primeiro núcleo populacional de origem portuguesa no Brasil, São Vicente. A partir do século XVI, emissários de Martim Afonso que viajavam pelo litoral de São Paulo, capitães de mato e jesuítas paravam em Mongaguá para descansar, numa época em que ainda não havia habitação permanente. Aos poucos, com o passar do tempo, foram surgindo moradores fixos e, consequentemente, as primeiras propriedades. Durante o Brasil Colônia, parte do atual município de Mongaguá pertencia à capitania de São Vicente e parte pertencia à capitania de Itanhaém. Em 1776, o Sítio de Mongaguá foi arrematado em leilão público pelo coronel Bonifácio José Ribeiro de Andrada, pai de José Bonifácio, o “Patriarca da Independência”. A propriedade foi vendida ao padre João Batista Ferreira (1814) e, posteriormente, a Antônio Gonçalves Nobre (1847), Manuel Bernardes Muniz (1851) e a Heitor Peixoto (1892).

Em 1910, foi construído o Hotel Balneário Marinho, que estimulou o turismo na cidade. Atualmente, o prédio abriga a prefeitura da cidade. Com a formação da Companhia de Melhoramentos da Praia Grande, em 1913, cujos principais acionistas eram Fernando Arens Júnior, David Antônio dos Santos, Prudente Correia, Ernesto Diedrichs, Alberto Hugo de Oliveira Caldas e Abílio Smith Camargo, foram criados os loteamentos: Jardim Marina, Jardim Aguapeú, Vila Arens, Jardim Caiahu, o Centro de Mongaguá e a Vila Sorocabana. A Companhia de Melhoramentos, porém, não teve êxito maior em seus projetos, pois os paulistas daquela época não demonstraram interesse em passar as férias no litoral. Em 1937, com a chegada da Estrada de Ferro Sorocabana, a ocupação da região começou a se intensificar.^[7] Em 1938, foi criado o distrito de Itariri (ou Itarari), subordinado ao município de Itanhaém, que, em 1948, mudou sua denominação para Mongaguá. Após a Segunda Guerra Mundial é que Mongaguá começou a se desenvolver. A construção da Rodovia Padre Manuel da Nóbrega, na década de 1950, deu um grande impulso ao crescimento do distrito. Em 7 de dezembro de 1959, foi realizado o plebiscito para a emancipação de Mongaguá. Assim, o desejo da população de Mongaguá foi alcançado com uma votação esmagadora e o plebiscito foi aprovado. Em 31 de dezembro de 1959, o então governador de São Paulo, Jânio Quadros, assinou a Lei e Mongaguá foi elevada à categoria de município. A data do aniversário de Mongaguá passou a ser comemorada no dia em foi realizado o plebiscito e não na data da elevação à categoria de município. Em 6 de dezembro de 1977, a Lei Estadual n° 1.482 concede a Mongaguá o título de “Estância Balneária”.