Os primeiros sinais de povoamento surgiram após 1534, quando o rei Dom João III de Portugal dividiu o Brasil em 15 Capitanias Hereditárias e as entregou em regime de hereditariedade a nobres, militares e navegadores ligados à da Corte. O objetivo do reino português era facilitar a administração e acelerar a colonização das recém-ocupadas terras brasileiras. Foi criada então a Capitania de Santo Amaro, que se estendia da foz do Rio Juqueriquerê, em Caraguatatuba, até Bertioga. Esta porção de terra foi entregue ao navegador Pero Lopes de Sousa, um nobre português de destaque na época. Se considera que a fundação formal de Caraguatatuba foi no século XVII, por meio da concessão de Sesmarias um instituto jurídico criado pelo Império de Portugal para distribuição de terras a particulares para a produção de alimentos. Nos primeiros anos de 1600 o capitão-mor Gaspar Conqueiro doou a Miguel Gonçalves Borba e Domingos Jorge a porção de terra localizada na bacia do Rio Juqueriquerê. Foi exatamente naquele ponto que a cidade começou a nascer entre 1664 e 1665 que surgiram sinais de povoamento, com a construção dos primeiros prédios, como a pequena igreja de Santo Antônio, santo padroeiro da cidade de Caraguatatuba. Mas o pequeno povoado foi assolado por diversos surtos, entre eles o mais mortífero ocorreu em 1693. A varíola, conhecida na época por “Bexigas”, dizimou boa parte da população. Os sobreviventes fugiram para as vilas próximas, Ubatuba e São Sebastião. A doença fez o crescimento retornar à estaca zero, o que atrasou o desenvolvimento do povoado em alguns anos. Após a grande mortandade, o local passou a ser chamado de “Vila que desertou”. O novo povoado foi elevado à condição de Vila de Santo Antônio de Caraguatatuba em 27 de setembro de 1770, a pedido de Dom Luiz Antônio de Souza Botelho Morgado de Mateus, o então capitão geral da Capitania de São Paulo.